Durch den drei Meter über der Bahnstrecke gelegenen Eingang gelangt man in den ersten Höhlenraum, der wegen seines kirchenähnlichen Gewölbes Kapelle getauft wurde. Über der Eingangstür weisen die Jahreszahl 1868 und ein Pfeil auf die Entdeckungsstelle der Höhle hin. Im hinteren Teil des Raumes liegen zahlreiche umgestürzte und herabgefallene Sinter verkittet auf der Bodensinterschicht. Dort befindet sich auch die Stalagmitengruppe "Heilige Familie". Im Hintergrund verbirgt sich die durch Abräumung der Bodensinter geöffnete Knochengrube, deren Sedimente sich unter die Eingangshalle fortsetzen.
Durch ein tunnelartiges, niedriges Gangstück, Gletschergrotte genannt, erreicht man den lang gestreckten Laubengang, der zierliche Tropfsteinsäulen und Sintergardinen aufweist. Von dort führt ein Tunnel nach Westen bis zur Orgelgrotte, deren westliche Gangbegrenzung mit den üppigen Tropfsteinkaskaden der Orgel geschmückt ist.
An dem vielfach gewundenen und gerippten Vorhang der Vorhanggrotte vorbei, wird die Königshalle erreicht. Hier zeigen sich an der südlichen Wandseite sehr deutlich die mit ca. 70 Grad nach Norden einfallenden Kalkbänke. An Versteinerungen sind vor allem Brachiopoden gut zu erkennen. Ausgangs der Königshalle stehen rechterhand zwei mächtige Stalagmiten der älteren Sintergeneration. In der Königshalle befindet sich die seit 1999 eingerichtete geologisch-paläontologische Ausgrabung. Die Besucher können originale Höhlenbärenknochen in den Profilwänden der Grube erkennen.
Die Kanzelgrotte verdankt ihren Namen einem in Form einer Kirchenkanzel ausgewaschenen, herabhängenden Felsstück. In der Mitte hängt von der Höhlendecke der "Kronleuchter" herab, vielleicht die schönste Stalaktitengruppe der Dechenhöhle. Nach Süden zweigt hier der ehemalige Ausgang ab, der mit mehreren Seitengängen einen Höhepunkt bei den Erlebnisführungen darstellt.
Eine Treppe führt aus der Kanzelgrotte etwa 8 m hinauf auf Versturzfelsen in die Nixengrotte zum 1,50 m tiefen, zauberhaft schimmernden "Nixenteich". Von dort wandert man am Blockfeld der Höllenschlucht vorbei wieder treppab in die Grufthalle. Hier erinnert ein umgestürzter länglicher Tropfstein an einen Sarg. An der Rückwand der Halle schlängelt sich ein durchscheinender Tropfsteinvorhang hinab, dessen rotbraune Streifen auf Einlagerungen von Eisenoxyd zurückzuführen sind.
Der Weg führt weiter zur Palmengrotte, deren Prachtstück die 2,80 m hohe "Palmensäule" ist. Daran schließt sich die Säulenhalle an, die mit mehreren Säulen und zahlreichen kleinen und größeren Sinterbecken geschmückt ist.
Die Wände der Kristallgrotte sind mit zahlreichen Riffkalkfossilien wie Stromatoporen und Korallen bedeckt. Auf Boden und Rändern eines lang gestreckten flachen Teiches haben sich Tausende kleiner Kalzitkristalle gebildet.
An vier großen Stalagmiten vorbei wird die Kaiserhalle erreicht. Rückblickend bewundert man eine mehrere Meter hohe Sinterkaskade, die nach unten in langen Sintervorhängen ausläuft, sowie den Baumkuchen oder Tropfsteinkaiser, einem der prächtigsten Stalagmiten der Dechenhöhle. Oberhalb der Kaskade führt ein schmale Kluft aufwärts, bis feine Wurzelfasern die Nähe der Oberfläche anzeigen. Dauerregen erreicht hier schon nach etwa 24 Stunden den Hauptgang, während es im Bereich der "Orgel" einer mehrwöchigen Schlechtwetterperiode bedarf, bis der Regen in die Höhle eingedrungen ist.
Mit dem größten Raum der Höhle, der Wolfsschlucht, ändert sich die Ausformung der Höhlenganges. Bis hierhin wechselten tunnelförmige, dem Schichtstreichen folgende Gangstücke mit an Nord-Süd-Klüften entstandenen, deutlich höheren Gangpartien ab. Nun wird der Gangverlauf stark durch Versturz und eingebrachte Sedimente geprägt. Auf alten Fotos ist der gesamte Bodenbereich der Wolfsschlucht mit abgestürzten Blöcken bedeckt. Hier wurde der Führungsweg durch Sprengungen und Abgrabungen angelegt.
Kurz vor dem künstlichen Ausgangsstollen grub man sich unter einem tropfstein-geschmückten Sintergang hindurch etwa 2 m tief in die Bodenschichten hinein. An den Wänden sind mehrere horizontal verlaufende Sinterdecken zu erkennen, die eine wechselnde Abfolge von Sinterbildungen und Sedimentablagerung aus den letzten 400.000 Jahren belegen.
Das westliche Ende der Dechenhöhle wird in einer mit Sediment und großen Versturzblöcken verfüllten Kluft erreicht. Da die Höhle hier nur wenige Meter unter der Oberfläche liegt, ist sie vermutlich durch offene Spalten oder Deckeneinbruch mit Sediment versiegelt worden. Zwanzig Meter davor führt vom Gemüsegarten ein künstlicher Stollen wieder ans Tageslicht.